1不可逆退磁问题
如果设计和使用不当，永磁同步电机（如钕铁硼永磁体）在温度过高时，或在冲击电流产生的反应作用下，或在剧烈的机械振动时，有可能产生不可逆退磁，或者叫失磁，使电动机的性能降低，甚至无法使用。如何提高永磁体的热稳定性，一直是重要的研究课题。
2成本较高
相对三相异步电动机，永磁电机的成本较高，目前需要用它的高性能和运行节能来弥补其成本上的不足。如果永磁同步电机的成本能够降低，将大大推进其推广和应用。
3 大规模生产问题
永磁同步电机的永磁材料具有很强的磁场强度，在永磁体装入转子以及电机整体装配时，比异步电动机的工艺难度大很多，很费工时。尤其是功率较大的永磁同步电机的安装，如果没有相应的专业工艺装备，装配难度很大，很难实现自动化生产线，即使实现了自动化生产线，成本也非常高。
4 控制问题
永磁同步电机制成后不需要外部能量即可维持其磁场，但也造成外部控制难度加大，永磁同步电机的应用范围受到了限制。随着电力电子技术和控制技术的发展，大多数永磁同步电机在应用中，可以不必进行磁场控制而只需进行电枢控制。这就需要设计时把永磁同步电机、电力电子器件和控制三项技术结合起来。
5起动问题
对于异步起动的永磁同步电机，仍然存在起动电流大，起动转矩抖动问题。异步起动的永磁电机如设计不好，起动电流可以达到额定电流的十倍左右。如果功率较大时，对起动设备冲击较大，起动转矩抖动对负载不利。